Un résultat de bactériologie se lit dans un ordre fixe : combien de germes (la culture), lequel (l'identification), avec quoi le traiter (l'antibiogramme). Exemple : une urine ensemencée à l'anse calibrée de 10 µL donne 32 colonies identiques, soit $32 \times 100 = 3{,}2 \times 10^3$ unités formant colonie par mL (UFC/mL) ; la galerie du germe se résume en un code à sept chiffres ; chaque antibiotique testé se classe S (sensible), SFP (sensible à forte posologie) ou R (résistant).
Compter : de la boîte aux UFC/mL
Une colonie naît d'une cellule ou d'un petit amas resté collé, chaînette ou grappe : c'est pour ça qu'on compte des UFC, pas des bactéries.
Formule : pour $n$ colonies d'un même aspect et un volume ensemencé $V$ en mL,
$$N = \frac{n}{V}$$
Avec une anse de 10 µL, $V = 0{,}01$ mL : tu multiplies par 100.
Piège classique : $10\ \mu\text{L} = 10^{-2}\ \text{mL}$, donc on multiplie par 100, pas par 10 : une seule colonie vaut déjà $10^2$ UFC/mL.
Pour l'examen cytobactériologique des urines (ECBU) de l'adulte en infection communautaire, la SPILF (Société de pathologie infectieuse de langue française) retient dans ses recommandations de 2018 une leucocyturie, le nombre de globules blancs, d'au moins $10^4$ par mL, et un seuil de bactériurie qui dépend du germe et du sexe :
| Germe | Homme (UFC/mL) | Femme (UFC/mL) |
|---|---|---|
| Escherichia coli, Staphylococcus saprophyticus | $\geqslant 10^3$ | $\geqslant 10^3$ |
| Autres entérobactéries, entérocoques, Corynebacterium urealyticum, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus | $\geqslant 10^3$ | $\geqslant 10^4$ |
Ces seuils restent indicatifs : devant un tableau clinique évident, c'est la clinique qui prime.
Nommer : coder une galerie d'identification
L'orientation (Gram, forme, oxydase, catalase) sert à choisir la galerie. Pour une entérobactérie, ce peut être l'API 20 E : 20 microtubes de substrats déshydratés, remplis avec la suspension d'une seule colonie bien isolée, qui changent de couleur, ou non, selon le métabolisme du germe.
Trois tests se révèlent avec un réactif : TDA, indole (réactif de James) et VP (VP 1 et VP 2, lecture après au moins 10 minutes). La notice du fabricant impose au moins trois tests positifs avant réactif, glucose compris ; sinon, tu réincubes 24 heures.
Ensuite, tu codes : les tests sont groupés par trois dans l'ordre de la galerie, et l'oxydase, faite à part, ferme le dernier groupe.
| Groupe | Vaut 1 | Vaut 2 | Vaut 4 |
|---|---|---|---|
| 1 | ONPG | ADH | LDC |
| 2 | ODC | CIT | $\text{H}_2\text{S}$ |
| 3 | URE | TDA | IND |
| 4 | VP | GEL | GLU |
| 5 | MAN | INO | SOR |
| 6 | RHA | SAC | MEL |
| 7 | AMY | ARA | OX |
Règle : un test positif vaut 1, 2 ou 4 selon sa place dans le groupe, un test négatif 0. Chaque groupe donne un chiffre de 0 à 7, et la galerie un profil à sept chiffres.
Pourquoi 1, 2 et 4 ? Parce que chaque somme ne vient que d'une combinaison : 5 ne peut être que $1 + 4$, premier et troisième tests positifs. C'est l'écriture en base 2. Le profil se saisit ensuite dans le logiciel d'identification du fabricant.
Piège classique : l'oxydase n'a pas de microtube, mais elle compte : positive, elle vaut 4 dans le septième chiffre. Et un test à réactif lu avant d'ajouter le réactif n'est pas négatif : il n'est pas lu.
Tester : du diamètre à S, SFP ou R
Sur une gélose Mueller-Hinton ensemencée en nappe, l'antibiotique diffuse autour de chaque disque et peut laisser une zone d'inhibition, où le germe ne pousse pas : tu en mesures le diamètre, en millimètres.
Ce diamètre n'a de sens que si la technique est standardisée, comme le décrivent les recommandations CA-SFM/EUCAST (comités français et européen de l'antibiogramme). L'inoculum est ajusté à l'étalon 0,5 de McFarland, environ $1$ à $2 \times 10^8$ UFC/mL pour E. coli : trop lourd, il rétrécit les diamètres. Une gélose qui attend à température ambiante, disques posés, avant l'étuve donne au contraire des zones faussement agrandies.
Le diamètre se compare ensuite au tableau du CA-SFM pour ce germe et ce disque, qui donne une borne S et une borne R ; la catégorie SFP n'y est pas écrite, c'est l'intervalle entre les deux.
Règle : pour un diamètre $D$, la souche est S si $D \geqslant$ borne S, R si $D <$ borne R, SFP entre les deux. Exemple du CA-SFM : avec $S \geqslant 22$ mm et $R < 18$ mm, SFP va de 18 à 21 mm.
Ces catégories ont été redéfinies en 2019 par l'EUCAST. S : « sensible à posologie standard ». SFP, le I de l'EUCAST : « sensible à forte posologie », succès probable à forte dose ou si l'antibiotique se concentre au site de l'infection. R : « résistant », échec probable même à forte posologie. SFP n'est donc pas un « intermédiaire » incertain, mais une deuxième façon d'être sensible.
Piège classique : comparer les diamètres de deux antibiotiques. Chaque molécule diffuse à sa façon et a ses propres bornes : un halo de 25 mm peut signer une résistance, un halo de 15 mm autour d'un autre disque une sensibilité.
Ces bornes peuvent changer d'une version annuelle du CA-SFM à l'autre : utilise celle en vigueur dans ton laboratoire.
Lire une CMI sur une gamme de dilutions
Définition : la concentration minimale inhibitrice (CMI) est la plus faible concentration d'antibiotique pour laquelle la croissance du germe n'est plus visible. Elle s'exprime en mg/L.
En microdilution, les puits contiennent des concentrations de raison 2, chacune le double de la précédente (0,25 ; 0,5 ; 1 ; 2 ; 4 mg/L…). Avant de lire, vérifie les témoins : le puits sans antibiotique doit être trouble, celui sans germe limpide.
La catégorie se lit comme en diffusion, inégalités retournées : S si CMI $\leqslant$ borne S, R si CMI $>$ borne R, SFP entre les deux. Exemple du CA-SFM : $S \leqslant 1$ mg/L et $R > 8$ mg/L donnent SFP de 2 à 8 mg/L.
Pour retrouver le sens des inégalités, pense à la gélose : un germe très sensible est arrêté par une faible concentration, donc il est inhibé loin du disque, là où l'antibiotique est déjà dilué. Petite CMI, grand diamètre.
Une bandelette à gradient affiche des graduations intermédiaires : le CA-SFM demande d'arrondir à la dilution de raison 2 immédiatement supérieure, 1,5 mg/L se rend 2 mg/L.
Exercices corrigés
Exercice 1 : Une femme adulte a de la fièvre et des brûlures urinaires : le médecin prescrit un ECBU. Son urine, non diluée, est ensemencée à l'anse calibrée de 10 µL : tu comptes 26 colonies d'un seul aspect. a) Calcule la bactériurie. b) Le germe est E. coli : le seuil de la SPILF est-il atteint ? c) Et si c'était un entérocoque ?
Correction :
a) $N = \dfrac{26}{10^{-2}} = 2{,}6 \times 10^3$ UFC/mL.
b) Pour E. coli, le seuil est $10^3$ UFC/mL dans les deux sexes : $2{,}6 \times 10^3 \geqslant 10^3$, il est atteint.
c) Pour un entérocoque chez une femme, le seuil est $10^4$ UFC/mL : $2{,}6 \times 10^3 < 10^4$, il n'est pas atteint. Même comptage, conclusion inverse : le seuil dépend du germe.
Exercice 2 : Galerie API 20 E, première lecture avant réactifs : ONPG, LDC, ODC, GLU, MAN, SOR, RHA, MEL et ARA positifs, les autres tests lus négatifs, oxydase comprise. a) Peux-tu ajouter les réactifs ? b) Ensuite, seul l'indole est positif : calcule le profil.
Correction :
a) Oui : 9 tests sont positifs avant réactif, glucose compris.
b) Par groupe : $1 + 0 + 4 = 5$ ; $1 + 0 + 0 = 1$ ; $0 + 0 + 4 = 4$ (indole) ; $0 + 0 + 4 = 4$ (glucose) ; $1 + 0 + 4 = 5$ ; $1 + 0 + 4 = 5$ ; $0 + 2 + 0 = 2$ (arabinose, oxydase négative). Le profil est 5 144 552.
Exercice 3 : a) Antibiogramme par diffusion, bornes en mm (données fictives). A : 19 mm ($S \geqslant 22$, $R < 18$). B : 15 mm ($S \geqslant 14$, $R < 14$). C : 25 mm ($S \geqslant 27$, $R < 27$). Classe chaque antibiotique en S, SFP ou R. b) Une bandelette à gradient indique 1,5 mg/L, avec les bornes de l'exemple du CA-SFM, $S \leqslant 1$ mg/L et $R > 8$ mg/L. Quelle CMI rends-tu, et dans quelle catégorie ?
Correction :
a) A : $19 < 22$, pas S ; $19 \geqslant 18$, pas R : A est SFP. B : $15 \geqslant 14$, B est S. C : $25 < 27$, C est R ; ses deux bornes sont égales, il n'a pas de catégorie SFP. Le plus grand halo est le seul R : on ne compare jamais deux disques entre eux.
b) On arrondit à la dilution de raison 2 immédiatement supérieure : CMI rendue 2 mg/L. $1 < 2 \leqslant 8$, donc SFP. Arrondir à 1 mg/L l'aurait classée S à tort.
À retenir
À retenir :
- Numération : $N = \dfrac{n}{V}$ en UFC/mL ; anse de 10 µL, on multiplie par 100.
- ECBU de l'adulte : le seuil de bactériurie dépend du germe et du sexe ($10^3$ ou $10^4$ UFC/mL).
- Galerie : groupes de trois valant 1, 2 et 4, oxydase comprise ; réactifs après trois tests positifs.
- Diffusion : S si $D \geqslant$ borne S, R si $D <$ borne R. CMI : S si CMI $\leqslant$ borne S, R si CMI $>$ borne R. SFP entre les deux.
Sources
- CA-SFM/EUCAST, recommandations 2024 (version 1.0, juin 2024) : texte sur sfm-microbiologie.org.
- EUCAST, définitions de S, I et R révisées en 2019 (en anglais) : page sur eucast.org.
- F. Caron et al., recommandations SPILF sur les infections urinaires communautaires de l'adulte, 2018 : texte sur urofrance.org.